上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院的前身“伯特利醫(yī)院”創(chuàng)建于1920年。1952年更名為上海第九人民醫(yī)院，1964年正式成為上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬第九人民醫(yī)院（以下簡(jiǎn)稱“九院”），2005年上海第二醫(yī)科大學(xué)與上海交通大學(xué)正式合并，九院改名為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院（以下簡(jiǎn)稱“九院”）。2014年11月，經(jīng)上海市人民政府同意，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院與上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第三人民醫(yī)院（前身寶鋼醫(yī)院，屬三級(jí)綜合性醫(yī)院）資源整合，南北院區(qū)，統(tǒng)一布局，統(tǒng)一管理。2015年10月，上海市機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)批復(fù)市教委同意上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第三人民醫(yī)院整建制并入上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院。

　　九院是經(jīng)上海市衛(wèi)生局核準(zhǔn)登記的政府主辦的非營(yíng)利性三級(jí)甲等綜合性醫(yī)院。醫(yī)院南部院區(qū)地處上海市中心城區(qū)黃浦區(qū)（制造局路639號(hào)），北部院區(qū)地處上海北翼寶淞地區(qū)（漠河路280號(hào)）。同時(shí)，在本市浦東新區(qū)由由地區(qū)設(shè)有九院浦東科教園區(qū)（錦尊路115號(hào)）、九院浦東分院（嚴(yán)鎮(zhèn)路166號(hào)）、高科口腔醫(yī)療美容門(mén)診部（嚴(yán)橋路350號(hào)），徐匯區(qū)設(shè)有虹梅口腔醫(yī)療美容門(mén)診部（虹梅路3310號(hào)）、靜安區(qū)設(shè)有大沽口腔醫(yī)療美容門(mén)診部（大沽路388號(hào)）。醫(yī)院承擔(dān)本市區(qū)域基本醫(yī)療服務(wù)，主要從事急危重癥和疑難疾病的救治，也是上海市120的定點(diǎn)醫(yī)院，上海市口腔干部保健醫(yī)療定點(diǎn)醫(yī)院。

　　上海第九醫(yī)院是一所以口腔醫(yī)學(xué)、整形外科、骨科為特色的三級(jí)甲等綜合性教學(xué)醫(yī)院，內(nèi)外科、婦科、兒科齊全。近年來(lái)，以“提高醫(yī)術(shù)、誠(chéng)心行醫(yī)、廣納賢才、共建九院”的醫(yī)院精神和“科教興院、人才強(qiáng)院”的發(fā)展戰(zhàn)略，在醫(yī)學(xué)、教學(xué)、科研、管理等方面取得了可喜的成績(jī)。連續(xù)十年被評(píng)為上海市文明單位，榮獲“全國(guó)城市醫(yī)院文化建設(shè)先進(jìn)集體”榮譽(yù)稱號(hào)。醫(yī)院占地61畝。

　　復(fù)旦大學(xué)醫(yī)院管理研究所中國(guó)最佳醫(yī)院聲譽(yù)排行榜2019年度綜合排名全國(guó)第24位，整復(fù)外科全國(guó)第一，口腔醫(yī)學(xué)排名全國(guó)第三，耳鼻喉科排名全國(guó)第六，眼科排名第十，骨科、輔助生殖科提名。

　　2019年度中國(guó)醫(yī)院科技量值研究排行榜醫(yī)院綜合排名全國(guó)第9位，整形外科學(xué)排名全國(guó)第一，口腔醫(yī)學(xué)排名全國(guó)第三，耳鼻咽喉科學(xué)排名全國(guó)第五，眼科學(xué)排名全國(guó)第八。

　　2019年度上海市三甲醫(yī)院科研競(jìng)爭(zhēng)力排行榜中，九院綜合排名全市第2位，其中口腔醫(yī)學(xué)、整形外科學(xué)、骨外科學(xué)均排名第1位，眼科學(xué)、麻醉學(xué)排名第2位，耳鼻咽喉學(xué)和實(shí)驗(yàn)診斷學(xué)排名第3位，感染性疾病學(xué)和臨床放射學(xué)排名第4位，內(nèi)分泌學(xué)位排名第5位。